游戲開(kāi)始NICK躺在手術(shù)床上，模糊的聽(tīng)著將軍和醫(yī)生的對(duì)話，腦里只有殘缺的記憶。時(shí)間馬上前進(jìn)到NICK在聯(lián)合國(guó)參軍的日子，他們被邪惡軸心勢(shì)力攻打，NICK和同伴們成為了俘虜，在企圖反抗時(shí)被BARRET制止并關(guān)進(jìn)了監(jiān)獄，這時(shí)SARA出現(xiàn)了，并告訴了NICK一些他已經(jīng)丟失的記憶。游戲就從這里正式開(kāi)始了。
第一個(gè)任務(wù)，逃出SOLITARY并和SARA在SUPPLY ROOM 會(huì)合
用你的手槍干掉很少的敵人，并在其他室內(nèi)搜集急救包等。
在控制室按開(kāi)關(guān)打開(kāi)閘門。
在大廳殺死敵人并打開(kāi)大門。進(jìn)門后其中一個(gè)敵人身上有SUPPLY ROOM 的 KEYCARD，在SUPPLY ROOM遇到SARA進(jìn)行交談并得到發(fā)電機(jī)房的KEY CARD。并回憶起TK超能力訓(xùn)練。
下樓來(lái)到發(fā)電機(jī)房拉下兩個(gè)開(kāi)關(guān)，樓上的門就可以打開(kāi)了。開(kāi)門前回憶起RV練習(xí)。
進(jìn)門來(lái)到Security-lower silo盡頭的房間干掉敵人取得另一張KEY CARD。用此卡進(jìn)門后有自動(dòng)機(jī)槍把守，趁它的視野不在你的方向時(shí)溜過(guò)去，走到盡頭。此關(guān)結(jié)束。 NICK乘升降梯到達(dá)了CENTRAL SOLI的頂層，開(kāi)門后回憶起MD超能力訓(xùn)練。往左走有一小型升降梯，小心有敵人會(huì)突然出現(xiàn)，上去后按下開(kāi)關(guān)開(kāi)啟一道門。進(jìn)門便是毒氣室，一進(jìn)去就會(huì)被困，必須用TK砸開(kāi)玻璃門，在中間的那間殺死敵人取得IMPLANT OPS 的KEY CARD，一直走拐彎使用它。進(jìn)門發(fā)現(xiàn)自己的戰(zhàn)友，但已經(jīng)被洗腦，無(wú)奈的NICK只好殺了他。
SARA指示NICK到MAINFRAME ROOM，這一段路必須小心，如果被發(fā)現(xiàn)敵人會(huì)按警報(bào)，就會(huì)招來(lái)大批敵人，要先下手為強(qiáng)啊。在通道盡頭的火葬室內(nèi)取得INPLANT DEVICE用它進(jìn)入GRYOSTORAGE。在穿過(guò)GRYO STORAGE后，來(lái)到JOV辦公室門外聽(tīng)到他和BARRET的談話，之后用RV看到房間內(nèi)的密碼。用這個(gè)密碼進(jìn)入MAINFRAME ROOM。
走到盡頭之后SARA指示NICK和她在WARHEAD STOREAGE ROOM回合，就在那里把左上方的通風(fēng)口窗TK了，爬進(jìn)去，途中用你喜歡的方法對(duì)付敵人，當(dāng)然是卷死他們啦，哈哈哈哈。
見(jiàn)到SARA后，她會(huì)要你用三個(gè)廢核彈頭安裝在建筑的三個(gè)地方(可以看，綠點(diǎn)的地方，而且在安裝位置會(huì)有明顯表示）
安裝完后游戲的第一個(gè)BOSS JOV就出場(chǎng)了，開(kāi)始時(shí)他通過(guò)控制士兵向你撲來(lái)并爆炸，解決方法是將這些士兵TK到他們出來(lái)的門并在那爆炸，門隨即被炸壞，當(dāng)八個(gè)門都炸壞后，JOV就會(huì)下來(lái)和你打，他很弱啊，竟然用槍也可以打傷，沒(méi)有難度可言，最后你被JOV思想控制要你自殺的時(shí)候，炸彈爆炸了，JOV被炸死
而你必須在時(shí)限內(nèi)到飛機(jī)起落平臺(tái)，沿原路返回到大升降機(jī)，在升降機(jī)上壘兩個(gè)大箱子，然后按下升降按鈕并爬上箱子，當(dāng)你看到通風(fēng)口的時(shí)候馬上跳上去否則升降機(jī)就會(huì)墜落。
這時(shí)將軍已經(jīng)登上了飛機(jī)逃走了，就在要爆炸的時(shí)候SARA開(kāi)著直升飛機(jī)（這不是MI-24雌鹿嗎，又在詆毀蘇聯(lián)是邪惡軸心了）把你救走。 SARA和你一起到了BARRET和JOV談話中談到的黑海，這時(shí)BARRET也來(lái)到了提著裝著LUNA-1的箱子，你必須走后門和SARA在ASSEMBLY HALL回合。注意了望塔，不能被他們發(fā)現(xiàn)啊，靜靜的蛇到離你最近的小門那。
進(jìn)門，里面只有一個(gè)看守，然后上樓梯，經(jīng)過(guò)通道，找到SARA。談話后SARA給了NICK一個(gè)KEY CARD，讓他去COMMUNICATION ROOM。然后用MC打開(kāi)門和爬梯上到樓頂，再用TK把玻璃打碎跳進(jìn)工廠。干掉所有敵人后，上樓連接總部但失敗。然后到BARRET的辦公室找SARA，她已經(jīng)在那里開(kāi)保險(xiǎn)箱了，取得LUNA-1之后前往碼頭。
在碼頭通過(guò)操作兩臺(tái)吊機(jī)，到達(dá)FACTORY OFFICE，這時(shí)GENERAL正在罵BARRET，BARRET一氣之下殺死2個(gè)士兵，NICK在血泊中發(fā)現(xiàn)KEY CARD。之后沿原路回到停機(jī)坪。在這里NICK被SARA的妹妹TONYA騙走了LUNA-1。 到達(dá)了火車站，殺光所有生物后，在那個(gè)紅燈的地方按╳，讓火車沖進(jìn)車庫(kù)，再殺光車庫(kù)里的所有人。車庫(kù)里有一臺(tái)自動(dòng)機(jī)槍，避開(kāi)就可以了。
經(jīng)過(guò)通道來(lái)到工廠車間，登上控制臺(tái)，打開(kāi)另一道門，進(jìn)入壓鑄車間，把所有的機(jī)器都停掉并干掉守衛(wèi)，然后順梯望上爬。到達(dá)另一車間。從另一個(gè)門口而出進(jìn)入了壓榨車間，卡開(kāi)開(kāi)關(guān)全部機(jī)器一起開(kāi)動(dòng)，必須把箱子放進(jìn)機(jī)器之間才能使其硬性停止，當(dāng)然人也可以，四臺(tái)都停止后通過(guò)來(lái)到另一道門。
然后順著樓梯上三樓天臺(tái)。天臺(tái)上有步兵和狙擊手，全部TK下樓。繞天臺(tái)一圈后進(jìn)入另一間屋再爬梯子上樓，最后找到BARRET。
和BARRET的交戰(zhàn)分別在室內(nèi)和室外，方法都是閃避他扔過(guò)來(lái)的東西再還擊。比較簡(jiǎn)單，但在室外要注意他用巨型物體扔你。
但最后NICK還是輸給了BARRET，但BARRET念在師徒一場(chǎng)放了NICK一條生路。 NICK追到了香港，在停機(jī)坪干掉敵人后進(jìn)入建筑物，干掉右側(cè)的自動(dòng)機(jī)槍后進(jìn)入實(shí)驗(yàn)室， 找到KOMIKO，她告訴你哪里有你需要的資料。離開(kāi)KOMIKO，往回走到另一個(gè)門，在這里分別位于兩個(gè)不同房間里的按鈕必須在5秒之內(nèi)同時(shí)按下。首先，你先到一個(gè)房間并站在按鈕，然后用MC控制另一個(gè)人跑到另一個(gè)房間去按鈕，他一按完，你馬上撤消MC，再按自己這邊的鈕。這樣便可打開(kāi)DATA VAULT的大門了。
取得資料后，回憶起PK超能力訓(xùn)練。
原路返回最初的走廊，在一個(gè)守衛(wèi)處得到電梯CARD。然后乘坐電梯下98樓。除了電梯馬上用MC控制一個(gè)士兵防止有人按報(bào)警。然后用大石球撞開(kāi)中間的大門，從大門進(jìn)入
進(jìn)入之后才知道是WEI LU的虛幻房間，非常詭異，方法是每扇能開(kāi)的門都開(kāi)一次，但千萬(wàn)別進(jìn)去，因?yàn)橛袝r(shí)房間里是手榴彈。
從虛幻房間出來(lái)后又進(jìn)入虛幻墳場(chǎng)，這里聚集了很多的士兵鬼魂，你要幫他們解放靈魂，也就是MD，難度不大。
從墳場(chǎng)出來(lái)后，將要往下一層的FUSION BUILDING去，在一個(gè)士兵的身上找到電梯CARD之后便坐電梯到97樓，這層要注意的是有很多攝像頭，被一個(gè)發(fā)現(xiàn)就完了，只有一個(gè)一個(gè)的用消聲手槍打掉，然后在控制室打開(kāi)開(kāi)關(guān)便可進(jìn)入中間的門，找到BOSS LU WEI了。
這個(gè)BOSS我覺(jué)得是整個(gè)游戲里最難打的了，剛開(kāi)始進(jìn)去會(huì)有一共八個(gè)的兵馬俑打你，他們刀槍不入，必須先用PK減慢他們的速度再用MD消滅。打完兵馬俑后，就是和LU WEI 的較量，她變身成怪獸不停的跺腳使石頭落下來(lái)，有三個(gè)小頭會(huì)噴毒液，嘴巴還會(huì)放超聲波。解決方法是先用槍集中打掉一個(gè)小頭，然后再用石頭TK那兩個(gè)小頭，還得不停的跑動(dòng)。
WEI LU 死后出去搭乘電梯任務(wù)便結(jié)束了。
EVERYTHING WE‘VE WORKED FOR
NICK乘電梯到達(dá)之后，兩座大廈之間的橋被炸開(kāi)了，首先用MC控制其中一個(gè)敵人再讓他把其他同伙殺了。然后踩在石板上，用TK把自己送過(guò)去，然后下樓，遇到一條帶電的通道，同樣的方法過(guò)去了。之后爬一段梯子，進(jìn)入房間，馬上把士兵干掉。這一層是等離子加速裝置，要讓他停止就必須讓他超負(fù)荷運(yùn)轉(zhuǎn)，共有四個(gè)開(kāi)關(guān)，先把你這個(gè)房子里的工人MC，讓他打開(kāi)4和3號(hào)開(kāi)關(guān)，然后再M(fèi)C了那個(gè)你在門口可以看到的工人去打開(kāi)2號(hào)開(kāi)關(guān)，最后你自己打開(kāi)1號(hào)開(kāi)關(guān)，加速器就停止了。有很多敵人進(jìn)來(lái)，用PK干掉他們。
然后進(jìn)入K3房，爬上梯子到了反應(yīng)堆控制室，首先把那個(gè)工人干掉否則他會(huì)去按報(bào)警，同時(shí)按一下鈕釋放出核設(shè)備然后再收拾其他士兵。控制室安全后進(jìn)入反應(yīng)堆，將右手邊房子里的工人給MC了讓他關(guān)閉所有電匝，你把所有敵人都TK下水，再用核設(shè)備炸開(kāi)兩邊的鐵絲門，從而進(jìn)入建筑內(nèi)部。這時(shí)SARA出現(xiàn)了，但NICK分辨不出她和TONYA，所以完全不信任她，但SARA還是留下了AMORY的KEY CARD給NICK。
在AMORY有得到了另一張KEY CARD，用這張開(kāi)另一頭的門從而得到電梯CARD。用它乘坐電梯來(lái)到下一層，從正中間的門進(jìn)去將遇到BOSS MARLENA，玩家們?cè)谶@里要特別注意了，因?yàn)橛螒蛴蠦UG，如果你在打這個(gè)BOSS的時(shí)候中間的氣罐支架沒(méi)有升起的話（如圖），不好意思了，你必須重新把這關(guān)再玩一遍。
首先MARLENA會(huì)操作一臺(tái)噴火的機(jī)器攻擊你，但有死角，利用它躲避，找到時(shí)機(jī)就用氣罐TK攻擊機(jī)器的發(fā)射口。之后MARLENA會(huì)下來(lái)對(duì)你攻擊，也是用氣罐TK攻擊她，每排氣罐一用完便會(huì)自動(dòng)補(bǔ)充。
擊敗MARLENA后，NICK追向帶著LUNA-1逃跑的GENERAL，但他已經(jīng)上了飛機(jī)。
FROM THE ETHER AND BEYON
GENERAL逃到的叢林遺址，NICK也跟來(lái)了這里，在這里NICK回憶起了最后的超能力AV并遇到了以前的戰(zhàn)友，但他已經(jīng)被WRIGHTSON精神控制，WRIGHTSON告訴NICK他已經(jīng)囚禁了SARA。這時(shí)NICK馬上進(jìn)入遺址營(yíng)救SARA。
在遺址里有許多靈魂異形，他們必須靠AV才能看到而且攻擊力極強(qiáng)。在進(jìn)入遺址后的通道的一側(cè)有一個(gè)小門通往監(jiān)獄在那找到了SARA，并通過(guò)MC打開(kāi)了監(jiān)獄的門。這時(shí)通道盡頭的大門已經(jīng)可以打開(kāi)了，進(jìn)入房間，在這里用AV可以看到WRIGHTSON的腳印和一些特殊的物體。這些都是線索。
緊接著進(jìn)入第二間大房間，在這里將佛像擺放回原來(lái)的位置后，佛像旁邊的門便會(huì)打開(kāi)，在那里找到一個(gè)在AV狀態(tài)下呈紅色的三角體，把它放在上圖中的紅色物體上，門便可以開(kāi)了。進(jìn)門后順著樓梯來(lái)到了頂層，在頂層SARA建議依靠衛(wèi)星來(lái)用超能力趕走遺址里的所有異形，但要先找到在遺址里的衛(wèi)星連接處，其實(shí)就在同一層的門后邊。
在頂層的地面上用AV可發(fā)現(xiàn)咖啡色的四塊磚用槍打爛它們就可以得到蘭色的三角體，用它和紅色的那個(gè)就可以打開(kāi)那道門了
進(jìn)門后，將四個(gè)不同顏色的球放進(jìn)各自顏色的盤(pán)子中就可以打開(kāi)衛(wèi)星連接了并打開(kāi)另一道門。從那道門出去后通往敵軍的雷達(dá)站，NICK要在那里打開(kāi)和衛(wèi)星的對(duì)接，當(dāng)打開(kāi)后，遺址里的全部異形都會(huì)逃走。然后回到遺址到佛像旁的門并上去。 進(jìn)入敵軍總部后，NICK發(fā)現(xiàn)SARA被困了起來(lái)，NICK必須找到頻道密碼，在BETA LAB的白板上用AV可以看到密碼。
然后去到PSI REGEN室，在那里MC一個(gè)士兵去控制室輸密碼，并在限時(shí)4分鐘之內(nèi)到達(dá)MAP ROOM和SARA會(huì)合，但在那TONYA出現(xiàn)并把SARA挾持走。
為了救SARA，NICK要趕到WRIGHTSON’S INNER CHAMBER，在一個(gè)上面閃著紅燈的門旁邊用MC控制士兵開(kāi)門，進(jìn)去后再用同一方法控制另一士兵開(kāi)門，這樣便到了，在這里遇到BOSS WRIGHTSON。
這是一個(gè)唯一不用超能力就可以對(duì)付的BOSS，只要象下圖一樣躲在那個(gè)箱子后面他就打不到你了，然后使用△+○+R1+○準(zhǔn)確射擊他的發(fā)射面，2分鐘就可以解決他了，但要記得準(zhǔn)備好充足的彈藥。
最后他所控制的異形把他殺了。
之后NICK來(lái)到了最后的地下宮殿，這里有無(wú)數(shù)的隱型地雷，要很小心的用AV觀察，也可以用敵人的尸體對(duì)其進(jìn)行引爆。
在途中會(huì)有象甲蟲(chóng)一樣的屏障突然升起，用PK就可以打壞了。
經(jīng)過(guò)了重重艱難，終于找到了BARRET和GERNERAL，在BARRET的超能力下GENERAL終于完成了他的心愿，把月球從本身的軌道上移開(kāi)了，從此再?zèng)]有什么可以阻擋來(lái)自宇宙的神力了，但自私的GENERAL為了獨(dú)吞這個(gè)力量，把筋疲力盡的BARRET打死了，并開(kāi)始貪婪的吸取神力。NICK必須阻止他。
你要用你的PK攻擊上圖中的6個(gè)架子，每個(gè)攻擊兩次，當(dāng)這6個(gè)架子倒了的時(shí)候，馬上跑去收集紅圈的那6個(gè)球不要被GENERAL得到，并且你如果站在圓盤(pán)里面的話你的氣會(huì)得到補(bǔ)充。
當(dāng)GENERAL的血滿了以后，戰(zhàn)斗就正式開(kāi)始了，其實(shí)很好打，因?yàn)樗挥腥N攻擊，你在圓盤(pán)下的凹地中不停的轉(zhuǎn)圈，當(dāng)他一輪攻勢(shì)結(jié)束以后馬上爬上來(lái)，用R1超能力攻擊他（前提是你撿到圓球），3分鐘就可以結(jié)束戰(zhàn)斗了。
戰(zhàn)斗結(jié)束了，GENERAL被卷入黑洞。
NICK和SARA剛想松一口氣的時(shí)候幾架直升飛機(jī)，趕緊跑啊，突然屏幕出現(xiàn)了：TO BE CONTINUE
